これから着手する予定の仕事があり、前払でもらった代金はどうすればいいでしょうか？

そのまま継続いただく場合もありますが、原則としては、債権債務の確定のために営業は停止いただく必要があります。
ただし、業務停止後に前払で受領したお金を相手の方に返すことは、一部債権者への返済行為に該当し、手続上問題ありと判断される可能性があります。相手方には、債権者の一人として、今後の手続に参加していただくことになります。