会社が所有している不動産がありますが、これはどうなりますか？

会社の資産は、不動産であろうとすべて現金化の対象となり、破産管財人が売却を図ります。不動産に抵当権の設定があるようなら、売却代金から抵当権者への返済が行われ、それでも代金が不足した場合は、残った債務については、破産債権となり、その後の手続に債権として届け出されることになります。